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一般に「東京六大学」といえば東京六大学野球連盟に加盟所属する6校の大学(50音順で慶應義塾大学・東京大学・法政大学・明治大学・立教大学・早稲田大学)を指すが、構成が異なるものの東京六大学を名称に用いている団体もまれにある。
上記ふたつの場合を除いて、「東京六大学」という名称が用いられているものは、すべて東京六大学野球連盟に加盟所属する6校の大学と一致する。