Wikipedia:査読依頼/利用者:Crion/Sandbox 20080212

利用者:Crion/Sandbox→古細菌 - ノート

とりあえずキーボードが進むままに書いてみました。~~将来的に「古細菌」を置き換える予定です。~~置き換えました。足りないところ、分かりにくい箇所などありましたら指摘お願いします。Crion 2008年2月12日 (火) 13:55 (UTC)[返信]

【査読】 ──専門家の方による審査結果。

【検証】 ──参考文献などと照合しつつ正確性を評価頂いた結果。

【書評】 ──専門外の方による評価および助言。

私はどちらかというと、病原性細菌の方が専門ですが、この記事は詳細かつ判りやすく書かれた内容だと、高く評価します。その上でいくつか指摘を（ただし、いずれもマイナーコメントです）

概説の部分について、私はこの部分にも「従前は、同じ原核生物である真正細菌の一グループ（中でも原始的なもの）として扱われていたが、後に独立のドメインになった」旨が書かれていた方が良いように思いました。私は、「概説」「概要」などのセクションは、記事全体をサマライズするものとして「時間のない人がそこだけ読んでも全体像が把握できる」ことが望ましいと考えており、この記述内容は、古細菌を「概説する」上では不可欠のものだと考えるからです。特に「原核生物」というキーワードが「概説」に出ないのは、上述の役割を担うセクションという位置付けからすると、奇異に感じますので、他の部分との重複になろうとも記述すべきだと私は考えます（ただし、冒頭文と概要の位置付けについては見解の違いがありうるポイントだと思いますので、マイナーな指摘とするにとどめます）
一般読者を対象とした百科事典の記事、という性質から考えて「人との関わり」という切り口のセクションを一つ設けた方がいいのではないか、と思います。現在は、分布のところにヒトへの病原性についても記載されてますが、この部分をそのセクションに移動させ、バイオ資源としての役割（例えば、PCRに用いるTaqポリメラーゼは、分子生物学の進展に大きく貢献したものです）などについても追記して、おおざっぱに述べる一セクションができないだろうか、と思います（ただし、これ以外に追記する内容が十分にあり、独立したセクションを設けるに足るかどうかの判断が、私にはつかないため、これもマイナーな指摘とします）

以上です--Y tambe 2008年3月10日 (月) 03:29 (UTC)[返信]

貴重なコメントありがとうございます。記事に反映させてみました。--Crion 2008年3月10日 (月) 16:27 (UTC)[返信]

拝見しました。指摘をくみ上げていただき、ありがとうございます。特に「人との関わり」に関するセクションは、期待していた以上に充実していて、とても参考になりました（Taqは真正細菌の方に由来してたのですね…うっかりしてました）。

もう一度内容を読んでみて、気になった箇所が一つありました。概要の最初のパラグラフについて、もう一度文章の推敲を行った方がいいように思います。

「古細菌は〜ドメインの一つである」と言い切っていますが、古細菌はドメイン名であるとともに、それに属する菌群のことも指すので、単語の一意性から、この部分の文章には違和感がありました。個人的には、ドメイン自体を指す場合には、後に続く文章の「真正細菌ドメイン、真核生物ドメイン」と同様に、この記事の中では「古細菌ドメイン」という語で使い分けた方がいいようにも思います（ただし、もちろん冒頭定義文は今のままで問題ないと思いますし、あくまで「この記事の中で使い分ける」という意味です。BCG、ノート:BCGにおける「BCG」と「BCGワクチン」の語の使い分けけのようなものを意図しています）。ただし、ここは「古細菌を短く概説する」のが目的の部分だと思いますので、次のポイントと合わせて、パラグラフ全体の文章を推敲した方がいいかもしれません。
「ドメインとは〜」で、ドメインについて一言で述べられていますが、その説明の中身はタクソン全体の説明になっているように思います。ドメインがタクソンの「最上位」であること（だから、古細菌というグループが重要なのだと思います）を上手く、短く説明する文章にできないでしょうか？

この他、もうしばらく内容自体については精査できる部分を精査してみたいと思っていますが、現時点でも概ね、正確性や記述すべき内容の欠落などの大きな問題はないのではないかと思っています（ただし、あくまで「専門外の人間の目から見て」ですが）。ただ、いくつかtypoや誤字（偏性嫌気性の「偏」など）も見つけましたので、内容が固まったら、そういった細かい校正作業を（セクションごとに手分けして、校正の進捗をノートで示し合ったりしながら）行いたいところですね。--Y tambe 2008年3月12日 (水) 09:45 (UTC)[返信]

自分だけではなかなか難しいので校正の協力は助かります。概要は一応見直してみました。--Crion 2008年3月13日 (木) 09:58 (UTC)[返信]

【感想】 ──専門外の方による感想。

古細菌は個人的に「名前はよく聞くがほとんど知らない」存在でしたが、全体的に読みやすく大変勉強になりました。細かいことではありますが、以下の2点をお聞きしたく思います。

塩湖の赤化は過増殖によるものと考えてよいでしょうか、また「赤色」の元になる成分は何でしょうか。
超高温環境で菌体の崩壊を免れるのは、細胞膜の構造が関係しているのでしょうか。

以上、古細菌ならではの特徴であるかどうか気になりました。--Konowata 2008年2月15日 (金) 13:55 (UTC)[返信]

査読ありがとうございます。質問に対する回答ですが、

高度好塩菌は細胞膜にバクテリオロドプシン（光合成のため）やバクテリオルベリン（役割不明、抗酸化作用？）を所持しているので、ある程度以上の菌濃度になると紫～赤になります。一応高度好塩古細菌ならではの特徴です（他にも好塩性の藻類などに色素を出すものはいますが、別の物質です）。
もう一点、超好熱菌が高温でも大丈夫なのは、核酸、タンパク質、脂質全てが耐熱性になっているからです（特にタンパク質）。核酸とタンパク質については省略させていただきますが、細胞膜に関しては、エーテル型脂質、特にテトラエーテル型脂質のように高温でも堅牢で、温度による膜性質の変化も少ない脂質を持っていることは重要だと思います。実際一般的にエステル型脂質を持つ真正細菌にあっても、Thermotoga maritima の様な超好熱性のものではエーテル/テトラエーテル型脂質を持ってるぐらいですから。あとは膜結合タンパクが耐熱性を持つこともあると思います。仮に普通の細菌を構成している細胞膜が、好熱菌の住んでいる環境におかれた場合、膜の流動性が高くなりすぎて不安定化、膜結合タンパク質が変性して崩壊、長期的には（特にpHマイナスだとか11だとかにおかれた場合）エステル結合が分解を受けるかもしれません。

該当点を（全てではありませんが）「分布-高度好塩菌」、「細胞の構造-細胞膜」に加筆しておきました。ただ、古細菌というよりもそれぞれの生物ならではの性質ですので、将来的に高度好塩菌、好熱菌の加筆を見据えて詳細は記述しておりません。--Crion 2008年2月15日 (金) 17:55 (UTC)[返信]

大変面白い記事を読ませていただきました。執筆御疲れ様です。私も古細菌に大変興味を持っていて、Crionさんの記事は勉強になりました。古細菌には、tRNA/rRNAのオペロンを持つものがいるようなので、私は、目下、それについて研究中です。古細菌についての概要が良くわかる良い記事だと思います。--純之助 (ノート | 投稿記録) 2008年2月18日 (月) 14:07 (UTC)[返信]

どうもです。記述に誤り（特に遺伝関連）などありましたら指摘お願いします。--Crion 2008年2月20日 (水) 15:33 (UTC)[返信]

【その他】 ──表記・文体など