ノート:ハプログループDE (Y染色体)

改名提案

本項目の名称は「YAP (Y染色体ハプログループ)」とありますが、YAPとは正確にはY染色体のハプログループ(単倍体群)ではなく一塩基多型(SNP)のことであるので、「YAP (Y染色体一塩基多型)」、もしくは「YAP (Y染色体SNP)」が適切であるため改名を提案いたします。--Lionness and tool56（会話） 2015年3月2日 (月) 13:54 (UTC)[返信]

改名提案(2)

本記事は「YAP (Y染色体ハプログループ)」というページ名ですが、リンク先の他言語版では「Haplogroup DE」等のページ名になっており、同系列の他記事（「ハプログループ」の各ページ）と合わせるため、「ハプログループDE (Y染色体)」と改名し、その中でYAP変異について記述するのがよろしいのではないでしょうか。改名を提案いたします。--ABCEditer（会話） 2015年5月26日 (火) 13:49 (UTC)[返信]

1週間経ち、反対意見がありませんでしたので、改名しました。--ABCEditer（会話） 2015年6月2日 (火) 22:43 (UTC)[返信]

外部リンク修正

編集者の皆さんこんにちは、

「ハプログループDE (Y染色体)」上の1個の外部リンクを修正しました。今回の編集の確認にご協力お願いします。もし何か疑問点がある場合、もしくはリンクや記事をボットの処理対象から外す必要がある場合は、こちらのFAQをご覧ください。以下の通り編集しました。

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344にアーカイブ（https://web.archive.org/web/20141014162752/http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344）を追加

編集の確認が終わりましたら、下記のテンプレートの指示にしたがってURLの問題を修正してください。

ありがとうございました。—InternetArchiveBot (バグを報告する) 2017年9月16日 (土) 12:03 (UTC)[返信]

コメント依頼

以下の点について、合意形成に向けて、第三者の方に広くコメント依頼いたします。本件については、利用者:Wikinick777氏と私との間に編集合戦がおこり、当事者間で解決の見込みが立たないため、コメントを依頼するものです。（なお、この場は記事の記述内容について議論する場であり、利用者の行為についてコメントする場ではないことにご注意ください。）--ABCEditor（会話） 2018年7月6日 (金) 10:00 (UTC)（追記:--ABCEditor（会話） 2018年7月7日 (土) 14:22 (UTC)）[返信]

経緯

まず、「起源」の節において、利用者:86.56.207.16によって、このような編集[1]が行われました。

利用者: 86.56.207.16による編集前（図は省略）

現生人類の共通祖先発祥の地、東アフリカのトゥルカナ湖の東北附近に約6.5万年前^[1]に住んでいた一人の男性にこの変異が起こりこれが、父系で遺伝するY染色体の特定のSNPを持つ集団（Y染色体ハプログループ）のうち「YAP（M1)」と呼ばれるSNPを持つハプログループDE系統を生み出し、その後6万年程前にこれが更に2つ集団（ハプログループ）DとEに分岐した。
なお、ハプログループDEは系統樹からも分かるように、全ユーラシア人の最近共通祖先であるハプログループCTから早期に分岐したため、他のユーラシア系統とは分岐から7万年以上もの年月を経ている。
アフリカに留まり（又は出戻り）アフリカ大陸全土や一部は地中海地域やヨーロッパなどに父系を通じて広がった集団がハプログループEであり、分岐後出アフリカを経て東方に向かい、チベット・アンダマン諸島・ヤオ族・フィリピンのマクタン島・グアム島・日本列島^[2]などに父系を通じて広がったのがハプログループDである。
またDEの子型でD系統にもE系統にも属さないパラグループDE*がシリア、チベット人、ナイジェリアなどの西アフリカでごくわずかに発見されている^[3]^[4]。

利用者: 86.56.207.16による編集後（図は省略）

現生人類の共通祖先発祥の地、アジア^[5]のト中央アジアの東北附近に約6.5万年前[13]に住んでいた一人の男性にこの変異が起こりこれが、父系で遺伝するY染色体の特定のSNPを持つ集団（Y染色体ハプログループ）のうち「YAP（M1)」と呼ばれるSNPを持つハプログループDE系統を生み出し、その後6万年程前にこれが更に2つ集団（ハプログループ）DとEに分岐した。^[6]^[7]^[8]^[9]

編集後の状態は体裁が整っておらず、既存の出典付き記述が大幅に除去されており、出典もうまく表示できていなかったため、私は「体裁不適切のためひとまず差し戻します」と要約欄に書き、差し戻しました[2]。しかしその後、利用者:Wikinick777氏が、この編集を差し戻し、利用者: 86.56.207.16による編集後の状態に戻しました[3]。ここから編集合戦が起こりました。 --ABCEditor（会話） 2018年7月6日 (金) 10:00 (UTC)（追記:--ABCEditor（会話） 2018年7月7日 (土) 14:22 (UTC)）[返信]

私としては、やはり利用者: 86.56.207.16による編集後の状態は、体裁が整っておらず、記述も除去されており、不適切と考えます。日本語としてもおかしな表記があります。（「…アジアのト中央アジアの東北附近に約6.5万年前…」の部分。）よって、ひとまず、利用者: 86.56.207.16による編集前の状態に差し戻すのが適切と考えます。その後、利用者: 86.56.207.16が加えた出典を付した文章を追加するなど、内容を発展させていくのが妥当と考えます。

皆様のコメントをお聞かせください。 --ABCEditor（会話） 2018年7月6日 (金) 10:00 (UTC)[返信]

提案有効な反対意見が特になければ、一週間後に差し戻したいと思います。--ABCEditor（会話） 2018年7月13日 (金) 13:04 (UTC)[返信]

報告　差し戻しました。--ABCEditor（会話） 2018年7月20日 (金) 13:35 (UTC)[返信]

新しい節

source: https://www.biorxiv.org/content/early/2017/12/13/233502 Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago. this is sourced content, please do not delete or vandalize sourced content and original research. thank you86.56.207.16 2018年7月22日 (日) 16:23 (UTC)[返信]

Your editing is against consensus. Do you understand Japanese？ If you cannot read and write Japanese, please refrain from editing jawiki.--ABCEditor（会話） 2018年7月22日 (日) 16:29 (UTC)[返信]

脚注

^ Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree". Genome Research 18 (5): 830–8. doi:10.1101/gr.7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.
^ “Y-haplogroup D in Cebu, Philippines”. A Genetic Genealogy Community (2012年5月12日). 2014年10月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月3日閲覧。
^ Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 229–34. PMC 1462739. PMID 14504230.
^ Shi H, Zhong H, Peng Y et al. (2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biol. 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782.
^ Vicente M. Cabrera (2017). "Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago". bioRxiv 233502。 {{cite bioRxiv}}: |biorxiv=の値が不正です。 (説明)
^ Hammer, M. F.; Karafet, T.; Rasanayagam, A.; Wood, E. T.; Altheide, T. K.; Jenkins, T.; Griffiths, R. C.; Templeton, A. R. et al. (1998-04-01). “Out of Africa and back again: nested cladistic analysis of human Y chromosome variation” (英語). Molecular Biology and Evolution 15 (4): 427–441. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025939. ISSN 0737-4038.
^ “Redirecting”. linkinghub.elsevier.com. 2018年6月16日閲覧。
^ Hammer MF, Spurdle AB, Karafet T, et al. (March 1997). "The geographic distribution of human Y chromosome variation". Genetics. 145 (3): 787–805. PMC 1207863 . PMID 9055088.
^ Chandrasekar A, Saheb SY, Gangopadyaya P, et al. (2007). "YAP insertion signature in South Asia". Ann. Hum. Biol. 34 (5): 582–6. doi:10.1080/03014460701556262. PMID 17786594.

[1] Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree". Genome Research 18 (5): 830–8. doi:10.1101/gr.7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.

[2] “Y-haplogroup D in Cebu, Philippines”. A Genetic Genealogy Community (2012年5月12日). 2014年10月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月3日閲覧。

[3] Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 229–34. PMC 1462739. PMID 14504230.

[4] Shi H, Zhong H, Peng Y et al. (2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biol. 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782.

[5] Vicente M. Cabrera (2017). "Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago". bioRxiv 233502。 {{cite bioRxiv}}: |biorxiv=の値が不正です。 (説明)

[6] Hammer, M. F.; Karafet, T.; Rasanayagam, A.; Wood, E. T.; Altheide, T. K.; Jenkins, T.; Griffiths, R. C.; Templeton, A. R. et al. (1998-04-01). “Out of Africa and back again: nested cladistic analysis of human Y chromosome variation” (英語). Molecular Biology and Evolution 15 (4): 427–441. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025939. ISSN 0737-4038.

[7] “Redirecting”. linkinghub.elsevier.com. 2018年6月16日閲覧。

[8] Hammer MF, Spurdle AB, Karafet T, et al. (March 1997). "The geographic distribution of human Y chromosome variation". Genetics. 145 (3): 787–805. PMC 1207863 . PMID 9055088.

[9] Chandrasekar A, Saheb SY, Gangopadyaya P, et al. (2007). "YAP insertion signature in South Asia". Ann. Hum. Biol. 34 (5): 582–6. doi:10.1080/03014460701556262. PMID 17786594.

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