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SARSコロナウイルス2

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2019新型コロナウイルス
電子顕微鏡写真
分類
: 第4群(1本鎖RNA +鎖
: ニドウイルス目
Nidovirales
: コロナウイルス科
Coronaviridae
亜科 : オルトコロナウイルス亜科 Orthocoronavirinae
: ベータコロナウイルス属
Betacoronavirus
亜属 : サルベコウイルス亜属
Sarbecovirus
: SARS関連コロナウイルス SARSr-CoV
: サーズコロナウイルス2[1] SARS-CoV-2

2019新型コロナウイルス[2][3]2019-nCoV, SARS-CoV-2)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)[4]の原因となるSARS関連コロナウイルス(SARSr-CoV)に属するコロナウイルスである[5]日本の国家機関や主要な報道機関は「新型コロナウイルス」と呼んでおり[2][3]、「新型コロナ」と省略される場合もある[3][6][7][8]

2019年中国湖北省武漢市付近で発生が初めて確認され[9]、その後、COVID-19の世界的流行パンデミック)を引き起こしている[10][11][12]

名称

2020年1月7日世界保健機関 (WHO) は、中国武漢で発生している疾患の原因であるウイルスを2019-nCoV2019 novel coronavirus の略称)と暫定的に命名した[13][14][15][16][17][注 1]。この呼称は厚生労働省公式ウェブサイトのほか[18]国立感染症研究所作成の「病原体検出マニュアル 2019-nCoV」と[19]、これを基にした「2019-nCoV 遺伝子検査方法」にも使用されているため[20]、体外医薬品の名称などにみられる[21][22][23]後節も参照)。

同年2月11日国際ウイルス分類委員会 (ICTV) がSARS-CoV-2Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 の略称)と正式命名した[5][24][25][26]。日本語ではこれに対応する用語として、サーズコロナウイルス2[1]とも表記される。

日本の国家機関や主要な報道機関は単に「新型コロナウイルス」と呼んでいる[2][3][6][17][27]

疾患の名称

WHOは2020年2月11日、新型コロナウイルスによる疾患COVID-19Coronavirus disease 2019 の略称)と命名している[28]

呼称に関する論争

アメリカなどでは発生地の名前を付けて「武漢ウイルス」「中国ウイルス」などと呼ぶべきと主張する意見が出るなど論争となっている[29][30][31][32]

2019-nCoVという呼称

国際ウイルス分類委員会の命名によって新型コロナウイルスの正式な英語表記はSARS-CoV-2であるものの、世界保健機関によって命名された2019-nCoVが改名されたわけではなく、2019-nCoVという呼称を継続して使用する地域や、公的機関[18]、分野がある。

厚生労働省公式ウェブサイトの英語表記ページには「3.Q & A on 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV)」などの表記が複数あり、公式の呼称として2019-nCoVを使用している[18]。国立感染症研究所は同研究所作成の「2019-nCoV 遺伝子検査方法」で呼称するほか[20]、公文において「新型コロナウイルス 2019-nCoV(SARS-CoV-2)」とも併記する[33]。宮城県はこのウイルスに関する一般電話相談窓口開設の案内において「新型のコロナウイルス(2019-nCoV)」と併記している[34]。同様に青森県は「週報青森県感染者発生情報」において、感染者の人数を「新型のコロナウイルス(2019-nCoV)-〇〇人」と表記している[35]。東京都は「新型コロナウイルス感染症FAQ」にて、国立感染症研究所「新型コロナウイルス(2019-nCoV)」をリンクしており[36]、愛知県新型コロナウイルス感染症トップページにも同様のリンクがされている[37]。また体外医薬品においては、本体に2019-nCoVとだけ表示されている製品もあることなどから[21][22][23]、2019-nCoVとSARS-CoV-2はともに新型コロナウイルスの英名であるという理解が必要である。

分類と系統

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は、ゲノムとして一本鎖プラス鎖RNAを持つ、コロナウイルスに属している。この仲間は哺乳類や鳥類に感染する非常に多数の種を含むが、人に感染症を引き起こすものだけでも、重篤な肺炎の原因となるSARSコロナウイルス (SARS-CoV) やMERSコロナウイルス (MERS-CoV) 、季節性の風邪を引き起こすヒトコロナウイルス229E (HCoV-229) やHCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-HKU1などがある。SARSコロナウイルス-2は、2019年に、ヒトに対して病原性を有する7番目のコロナウイルスとして出現した このウイルスは国際ウイルス分類委員会 (ICTV) により、SARSコロナウイルス (SARS-CoV) と同じ種(の姉妹系統)と見なされており、ベータコロナウイルス属のSARS関連コロナウイルス (SARSr-CoV) という種に属している[5]。ただし、SARSコロナウイルスの直接の子孫ではない[38]。元々コウモリなどの野生動物が保因していたものが、それぞれ独立してヒトに伝播、ヒトへの感染能力を獲得したと考えられている[38]

2020年3月26日には、マレーセンザンコウからゲノムが85〜92%類似するコロナウイルスが発見されており、これらはよりSARSコロナウイルス-2の祖先に近いと考えられる[39][40]

ゲノム配列

ゲノム情報
Genomic organisation of SARS-CoV-2
NCBIゲノムID MN908947
ゲノムサイズ 29,903 bases
完了年 2020
テンプレートを表示

このウイルスの完全ゲノム配列は上海公共衛生臨床センター、武漢中心医院、華中科技大学、武漢市疾病予防控制中心、中国疾病予防控制中心感染症予防管理所、中国疾病管理予防センター、シドニー大学らの協力によって解読され、シドニー大学のエドワード・C・ホルムズ教授の協力の下、上海公共衛生臨床センターの張永振教授によって2020年1月11日に Virological.org 上に公開された[41]

その後、1月14日には国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されている[42]。他種のコロナウイルスと比較すると、中国浙江省舟山市コウモリから発見されたSARSウイルスに一番近く、コウモリSARSウイルス、ヒトSARSウイルス、ジャコウネコSARSウイルスとも80%近くの類似度を持つことが、香港大学微生物学科感染症専門の袁国勇教授により報告されている[43]

構造

アメリカ疾病予防管理センターが作成したSARS-CoV-2の外観図
  赤い突起:スパイクタンパク(S)[44]
  灰色の被膜がエンベロープ、主成分は脂質で、アルコールや石鹸により破壊できる[44]
  黄色の付着物:エンベロープタンパク[44]
  オレンジの付着物が膜タンパク質[44]

ウイルス粒子(ビリオン)は、50〜200 nm(ナノメートル)ほどの大きさである[45]。一般的なコロナウイルスと同様に、S(スパイク)タンパク質、N(ヌクレオカプシド)タンパク質、M(膜)タンパク質、E(エンベロープ)タンパク質として知られる4つのたんぱく質と、RNAにより構成されている。このうち、Nタンパク質がRNAと結合してヌクレオカプシドを形成し、脂質と結合したS、EおよびMタンパク質がその周りを取り囲んでエンベロープを形成する。エンベロープの最も外側に位置するSタンパク質は、細胞表面のACE2受容体に結合して細胞への感染を可能とする[46]。ヒトへの感染にACE2受容体を利用する点はSARSコロナウイルスと共通しており、DPP-4受容体を利用するMERSコロナウイルスや、アミノペプチダーゼN英語版 (APN) を利用するヒトコロナウイルス229Eとは異なる[47]。ウイルスゲノムは29,903 塩基で、一本鎖プラス鎖RNAウイルスである[48]

タンパク質やRNAのSARSコロナウイルスとの相同性は、Sタンパク質が76.0%、Nタンパク質が90.6%、Mタンパク質が90.1%、Eタンパク質が94.7%[49]、RNAが80%となっている[46][50]。一方で同じベータコロナウイルスの中でも別種[5]のMERSコロナウイルスとは、それぞれ4.6%、7.6%、6.3%、30.5%[49]、50%[46]しか一致していない。

SARSコロナウイルス-2には、SARSコロナウイルスと異なり、Sタンパク質に感染力と病原性を高めるフーリン切断部位が存在する[51]。これはサルベコウイルスの中では他に例が無いが、コロナウイルス科全体で見れば珍しいものではなく、多くのマウス肝炎コロナウイルス(MHV-JHMやMHV-A59)やヒトコロナウイルス(MERS-CoVHCoV-OC43)などが同様の部位を保有している[52]

病原体

基本再生産数

SARS-CoV-2の基本再生産数R 0)の見積もりに関する未査読の多くの研究は、数字の差異および評価が分かれているが、1.4 - 3.9と推定されている[53][54][55][56]。これは無防備な状態では、SARS-CoV-2は通常、感染者1人当たり1.4から3.9人の新規感染者を生じさせるという意味である。これにより、SARS-CoV-2は少なくとも4人を連鎖的に感染させる事が確認されている[57]

他の未査読の研究では、基本再生産数を3.30 - 5.47とするもの[58]、2.13[59] - 4.82[60][61]とするものがある。

動物への「感染」

ベルギー保健当局は感染者から飼いにウイルスが伝染する事例があるとした[62]。その他、犬[63]トラ[64]からもSARSコロナウイルス-2が検出された事例がある。

中国の研究チームの報告によると、猫はSARSコロナウイルス-2への感受性が高く、飛沫感染により猫-猫感染を起こすケースもあったという。猫のほかにはフェレットも感受性が高いが、犬やニワトリアヒルでは増殖しなかった[65]。また、2020年4月12日に放送された情熱大陸では、日本のウイルス学者でウイルス学の第一人者である河岡義裕がマウスよりもハムスターへの感染症状が顕著に出るとコメントしている(外部リンク:「日本人は幻想を抱く」新型コロナと闘うウイルス学者の『情熱大陸』のドキュメントがすごい を参照)。

複数型の存在

中国からの報告

2020年3月、このウイルス(中国内外の103例)を北京大学など中国の研究チームが遺伝子解析した結果、コウモリ由来のウイルスに近く古くからあるとみられるS型(全体の3割)と毒性の強弱は不明だが頻度が高いとみられるL型(全体の7割。武漢市の流行では大半を占めるが、市外の流行では現在は減少傾向にある)という塩基配列の異なる2つの型に分類できることが分かった[66][67][68][69]

患者の多くは片方の型にしか感染していないものの両方の型に感染した例も確認されており、ウイルスに一度感染し症状が治っても別の型に「再感染する」と言う報道もあるが[66][68]。再感染の可能性および原因については議論があり今後の研究・検討を要する[70]

2020年3月23日の時点では以下の事が判明している。本ウイルスの主要な株はL型(L亜型)とS型(S亜型)に分かれる[71][72]。ウイルスのRNAの第28,144番目の塩基の違いにより指定されるアミノ酸がロイシン(L型)かセリン(S型)かによって区別される[73]

L型

中国武漢市での初期流行ではL型が支配的[73]。当初の報告ではL型はより攻撃的で、より急速に蔓延するとされていた[注 2]。そのため、流行対策による人的介入のため選択圧が掛かり割合的に減少したと見られている[72]。ただし、後に「感染力が強い」と言う点については修正され、「頻度が高い」に表現が改められている[74]

S型

進化的に古く、変異前(先祖型)のものと見られている。攻撃性が低いため選択圧が弱く、相対的に割合が増加したと見られる[71][72]

イギリス・ケンブリッジ大学などからの報告

2020年4月のイギリス・ケンブリッジ大学などによる報告では、このウイルスはA、B、Cの3つの型に分けられるとした。Aは中国のコウモリ由来のウイルスに近く、中国や日本の感染者でも見つかったが、米国やオーストラリアの感染者が多かった。Aから変異したBが武漢市を中心として中国や近隣諸国で爆発的に増えたとみられ、欧米などに飛び火した例は少なかった。Bから変異したCはイタリア、フランス、英国など欧州で多かった[75][76]

日本バイオデータからの報告

株式会社日本バイオデータによる査読前論文では、ウイルスのRNA配列のうち第8782番目、第28144番目、第29095番目の塩基に着目し、本ウイルスをTCC、TCT、CTCの3つの型に分類した[77]。TCCおよびTCTは中国のグループの示すS型、イギリスのグループが示すA型に相当する。またCTCは中国のグループが示すL型、イギリスのグループが示すB型およびC型に相当する。

SARS-CoV-2 emerging from a human cell
SARS-CoV-2 virions emerging from a human cell
培養されたヒト細胞から放出されているSARS-CoV2ビリオン(黄色)のカラー化SEM写真。

免疫細胞への感染能力

新型コロナウイルスは免疫細胞であるT細胞への感染能力が存在することが示唆されている。T細胞の細胞株であるMT-2細胞株およびA3.01細胞株それぞれに対し、SARSウイルス(SARS-CoV)と新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)を感染させ比較したところ、SARSウイルスは細胞に感染しなかったのに対し、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は細胞へ感染した[78]

発見と拡大

発見

新型コロナウイルスは2019年11月に中国武漢で発生が確認され、同年12月31日に最初に世界保健機関 (WHO) に報告された[79]。その後2019年から翌2020年にかけて発生した中国武漢でのアウトブレイクにおいて肺炎患者の核酸検査陽性患者サンプルにより、ゲノム配列が決定された[80][81][82]

2020年1月20日病原体を調査している中国国家衛生健康委員会 (NHC) 専門家の鍾南山グループ長は、広東省でヒトからヒトへの感染(ヒト - ヒト感染)が確認されたと発表した[83]。新しいコロナウイルスに対する特定の治療法はないが、既存の抗ウイルス薬を流用することはできるとしている[84]

2020年1月下旬時点での主要なアウトブレイク中国大陸に限局されていたが[85][86][87][88][89][90][91][92][93][94][95]、その後は東アジアヨーロッパを中心とし世界各地に拡散した(#感染の拡大も参照)。

感染の拡大

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)世界的流行状況(適宜更新):
  感染者1,000,000人以上
  感染者100,000-999,999人
  感染者10,000–99,999人
  感染者1,000–9,999人
  感染者100–999人
  感染者1–99人

この株による最初の既知のヒトへの感染は2019年11月下旬に発生した[96][97]。新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) の拡散は、2019年11月中旬に中国の湖北省武漢市で最初に発生。その後、中国の全ての省に蔓延し、またアジアヨーロッパ北米アフリカオセアニアなど他の160以上の国にも拡散した[98]。このウイルスのヒト - ヒト感染による拡散は、アフリカを除く[99]これらすべての地域で確認されている[100][101][102][103]

2020年1月31日、このウイルスの感染拡大が懸念されることから世界保健機関 (WHO) は「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」(PHEIC) を宣言した[104][105][106][注 3]。なお、季節性疾患としての自然終息や定着の可能性について議論が続いている。

3月7日現在も感染拡大が止まらず、世界で感染者数が100,000人を超えたと発表した。

3月11日にはこのウイルスの感染拡大について、WHOがパンデミック(世界的流行)相当との認識を初めて示した[10][11][12]

4月2日には、世界全体の累計で100万人を超え死者も5万1000人を上回った[109]。感染者が見つかった世界177カ国・地域のうちアメリカが16万人超と世界最多となり、続いてイタリアが10万人を突破した。 4月16日時点では、世界全体の累計で感染者数が200万人を超え、死者も13万3000人を超えている。 アメリカの感染者数は61万人を超え、次いでスペイン17万人超、イタリア16万人超となっている。

症状

コロナウイルス#コロナウイルス感染症の比較表も参照

無症状者

当ウイルスに感染していても病気の症状が現れない者がいる。これを「無症状病原体保有者」と言う。無症状病原体保有者は、その保有する当ウイルスを他者に感染させる可能性がある[110]

嗅覚の麻痺・味覚の麻痺

感染者が嗅覚味覚を失ったとの報告が世界各地で見られる。イギリスの耳鼻咽喉科学会は声明で韓国や中国、イタリアで新型コロナウイルス感染者の多くが嗅覚障害を訴え、ドイツでは感染確認者の3分の2以上に症状が出ていると指摘[111][112]。(発熱・咳などの)他の症状を伴わないのに嗅覚異常が出る場合もあり、イギリス、イラン、アメリカでも報告が増えている、という[111][112]。アメリカの耳鼻咽喉科学会も「嗅覚や味覚障害の報告が急激に増えている」と認めている[111][112]。アメリカ・イギリスの専門家からは感染予防のためにも(嗅覚異常者を)ウイルス検査の対象に加えるべきだ、との声が出ている。一方で日本の医師によると、普通感冒でも嗅覚や味覚が一時的に失われる事はあると言う[111][112]。新型コロナウイルス感染における嗅覚や味覚の麻痺が、ふつうの感冒とは異なる性質をもつのかどうか、世界の50か国にまたがる約600人の医師や科学者が国際コンソーシアムを結成し、日本を含む各国で調査を開始している[113]

これに関連して、プロ野球・阪神タイガースの選手ら数名が、発熱やせきなどの症状がなかったのにもかかわらずにおいを感じなかったので、当ウイルスへの感染を疑い、PCR検査を受けたところ陽性で当ウイルスに感染していたことが判明した。阪神の藤浪晋太郎投手は発熱やせきなどの症状はないが、(3月26日の)数日前からトレーナーに「コーヒーやワインのにおいを感じない」[114]と嗅覚の異常を訴え、兵庫県内の病院で3月24日および25日に診察を受け、医師の判断で新型コロナウイルス感染を調べるPCR検査の受診が決まり、検査の結果、陽性反応が出たことを26日、関係者が公表した[115]。阪神では、他にも2名が「みそ汁の味がしない」と訴え、PCR検査を受けたところ陽性が判明した[114]

急性呼吸器疾患

特徴

主症状は2020年1月21日判明分で、40℃程度の高熱 (98%) 、乾いた (76%) 、息切れ (55%) などである[116][117]。他に、全身倦怠感、吐き気、筋肉痛等を催すと報告されている[118][119]。顕著な合併症は肺炎である。しかし症状がないまま濃厚接触をしてしまう事が度々ある[120]

2月20日までのWHOと中国の専門家による調査では、典型的な症状・徴候として発熱(87.9%)、咳(67.7%)、疲労(38.1%)、痰(33.4%)、息切れ (18.6%)、のどの痛み(13.9%)、頭痛(13.6%)、筋肉痛・関節痛(14.8%)、悪寒 (11.4%)などが報告されている[121]

他のコロナウイルス科ウイルス感染症[注 4]との鑑別は外観所見上からは難しい。ただし、発熱せずに死亡した患者もいるので、発熱検知装置だけで検出できない可能性もある。また、無症候キャリアが感染能を持つ可能性もある[118][119]

入院患者では呼吸困難や胸の圧迫感も多い。また、入院時のバイタルサインは比較的安定している[122]

予後

治療

日本内科学会の緊急寄稿文によれば、現在、効果を示す薬剤が発見された旨の報告はなく、暫定的にHIV薬とオセルタミビル(タミフル)を併用しての治療が行われているが[123]、国を挙げて専用ワクチンの開発も並行して行われている。

医療現場の抱える問題

感染症発生初期において医師などの医療従事者への罹患、及び長時間労働などによる疲弊といった問題も浮上してくる。局所的地域感染から広域に拡大するにつれ同定された問題も増加する傾向にあり、医療現場の過酷化する環境にも配慮が必要である。

感染症と社会構造

発達した情報通信環境において、ソーシャルメディアによる情報の拡散は情報確度を担保しうる反面、誤った情報も伝搬しうる二律背反を構築している。

感染経路

このウイルスの感染経路は、飛沫感染接触感染エアロゾル感染などがあり[124]、ウイルスは(少なくとも)3時間程度は室内の空気中をエアロゾルとともに漂いつづけ感染力を持ち続けるということが確認された[124]

接触感染の経路には、電車やバスのつり革ドアノブエレベーターや電気機器のスイッチなどが上げられる[125]

2020年2月7日、武漢大学病院で検出された感染者数のうち4割は、同大学病院で院内感染したものだという論文が発表された[126]

感染予防と拡散抑止

2020年1月10日国立感染症研究所 (NIID) は特設サイトを設け[127]院内感染対策、積極的疫学調査をはじめとする対応を行っている。

  • 院内感染対策 - インフルエンザ等の一般的な呼吸器感染症の病原体の微生物学的な検査を行いつつ、疑似症サーベイランスの届出について保健所へ相談する[128]
  • 積極的疫学調査 - 「患者(確定例)」と「濃厚接触者」について、基本情報・臨床情報・推定感染源・接触者等必要な情報を収集[129]。患者(確定例)対面調査を行う際は、眼の防護具[注 5]、長袖ガウン、必要に応じてサージカルマスクではなく N95マスクを着用するとしている[129]
  • 検体採取・輸送マニュアル - SARSMERSに対する病原体診断を参考に、鳥インフルエンザ A (H5N1 / H7N9) に準じた検体の採取を行い、「病毒を移しやすい物質カテゴリーB」を取り扱う輸送業者を利用して送付[130]

2020年3月18日、世界保健機関 (WHO) は感染予防と拡散抑止の方策として、「こまめに水と石鹸による手洗い」「公共の場などで1mほどの間隔をとる」「目、口、鼻などにできるだけ触れない」「他者のため肘やティッシュや布などで鼻と口を覆う」「発熱や咳(せき)、呼吸困難の症状が出ている場合、医療機関に相談する」「最新で確実な情報にもとづき判断し、また地域の医療従事者等の助言に従う」と表記した[131]

予防法

手など皮膚の消毒を行う場合には、消毒用アルコール (70%) が、物の表面の消毒には次亜塩素酸ナトリウム (0.1%) が有効であることが分かっているほか[132]エタノール次亜塩素酸ナトリウムオキシドール(0.5%)により、残存するウイルスの数を1万分の1にすることができる[133]

このウイルスは、通常のインフルエンザウイルスと同様の感染予防法が有効であると考えられており、手指や顔を石鹸で洗う[125]、粘膜を護るために室内の湿度を50〜60%に保つ[125]、などが有効である。また咳や発熱などの症状のある人に近づかない[125]、人の多い場所に行かない[125]、なども重要である。「3密」といわれる「密閉・密集・密接」を避けることが推奨される。

マスクの着用については、組織によって見解が異なり、「マスクをしないと感染者が咳をする時に自分の口をつい手で覆ってしまい、その手で様々な物に触れることが感染の原因となる」、「マスクをすることで他者への感染を減らす」という意味で感染予防となる[125]

脚注

注釈

  1. ^ 後述のとおりICTVによって「SARS-CoV-2」と正式命名されているが、混乱を避けるため、それ以前に公開されたWHOの資料は「2019-nCoV」のまま変更しないとしている。また、“SARS”という呼称はアジアなどで2003年に流行した重症急性呼吸器症候群をイメージさせるため、WHOでは便宜的に「COVID-19の原因となるウイルス」または「COVID-19ウイルス(COVID-19 virus)」という呼称も使用している[14]
  2. ^ "L type, which might be more aggressive and spread more quickly." doi:10.1093/nsr/nwaa036 の"ABSTRACT"より。
  3. ^ WHOは同年1月23日の緊急委員会でPHEICに該当するかどうかの判断を先送りしていた[107]
    状況推移(エピデミック記事「新型コロナウイルス感染症の流行 (2019年-)」も参照)
    • 2019年12月31日、カナダの健康モニタリングプラットフォーム「BlueDot」がアウトブレイクの可能性を警告[108]
    • 2020年1月6日、アメリカ疾病予防管理センター (CDC) が下記同様の情報を発表。
    • 1月9日、WHOが中国でインフルエンザに似た症状が相次いで発生していることを公表。
    • 1月20日、中国・国家衛生健康委員長の鍾南山が人から人への感染(ヒト - ヒト感染)の確認を報告。
    • 1月23日、WHOが新型肺炎の感染は中国では緊急事態だとしながらも「国際的な公衆衛生上の緊急事態 (PHEIC) と判断するには時期尚早」と判断した。
    • 1月31日、WHOが新型肺炎について中国国外にも感染拡大の懸念が出てきていることから、一転して「国際的な公衆衛生上の緊急事態」(PHEIC) を宣言。
  4. ^ SARSMERSほか
  5. ^ ゴーグルまたはフェイスシールド

出典

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関連項目

外部リンク