利用者:Katakuruko/sandbox

集団遺伝学における遺伝的荷重（いでんてきかじゅう、英: genetic load or genetic burden）とは、集団中に、適応度を下げる有害な対立遺伝子が保有されることによる効果をみる尺度の一つ。この値は、 $0<{L}<1$,の範囲をとり、0の時、遺伝的荷重がないものとする。この概念は1937年にJBS Haldaneによって初めて定式化され、それとは独立に、1950年、H. J. Mullerの論文で用いられたことで知られる。さらに、1957年のホールデンの研究によって洗練化された。 http://www.primate.or.jp/PF/yasuda3/7A.html

Gene flow between the Korean peninsula and its neighboring countries. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20686617

DNA抽出（DNA extraction, DNA isolation）とは、分子生物学の解析や法医学の解析のためにDNAを集めるための方法である。DNA抽出は3つの基本的なステップと2つの任意のステップからなる。；

Evolution

固定指数（F_ST）は遺伝的構造による集団間の違いを記述するための尺度である。これは、SNPやマイクロサテライト、過去はアロザイムなどの遺伝的多型データから推定される。Wright's F-statisticsの指標の一つ。集団遺伝学の分野でしばしば使われる概念。理論上は、集団間で遺伝的な違いがない場合は0、それぞれの集団で異なる場合は1をとる。

定義

F_STの一般的な定義は二つあり、一つは集団間の対立遺伝子頻度の分散を基準とするもの、もう一つは共通祖先をもつ確率（identity by descent）を基準とするものである。

${\bar {p}}$を全集団での平均対立遺伝子頻度、$\sigma _{T}^{2}$を全集団での対立遺伝子頻度の分散、 $\sigma _{S}^{2}$を分集団での対立遺伝子頻度の分散とすると、F_STは次のように定義される。

$F_{ST}={\frac {\sigma _{S}^{2}}{\sigma _{T}^{2}}}={\frac {\sigma _{S}^{2}}{{\bar {p}}(1-{\bar {p}})}}$

このWrightによってなされた定義は、集団構造を原因とする遺伝的分散を量的に捉えている。

また、NeiはF_STの推定値として、ハーディ・ワインベルク平衡を仮定した上で、複対立遺伝子を扱うように拡張したG_STを定義している。

$G_{ST}={\frac {H_{t}-H_{s}}{H_{s}}}$

$H_{t}$は全集団のヘテロ接合度、$H_{s}$は分集団での平均ヘテロ接合度である。

別の定義は

$F_{ST}={\frac {f_{0}-{\bar {f}}}{1-{\bar {f}}}}$

であり、 $f_{0}$は同じ分集団から選んだ2個体が共通祖先をもつ確率、${\bar {f}}$は全集団から選んだ2個体が共通祖先をもつ確率である。この定義上では、F_STは、全集団に対して、分集団中の2個体がどのくらい近縁であるのか表すものとして解釈されている。また同時に、このidentity by descent である確率は、coalescentが起こるまで突然変異が起きない確率でもある。

このことから、もし突然変異率が小さければ、${\bar {T}}$, $T_{0}$をそれぞれ、全集団からランダムに選んだ2つの遺伝子がcoalescentするまでの平均時間、同じ分集団からランダムに選んだ2つの遺伝子がcoalescentするまでの平均時間とすると、

$F_{ST}\approx {\frac {{\bar {T}}-T_{0}}{\bar {T}}}$

樹木社会学 エコゲノミクス 参照

脚注

• ^ SEWALL WRIGHT (1949) ["THE GENETICAL STRUCTURE OF POPULATIONS."http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-1809.1949.tb02451.x/abstract] Annals of Eugenics. 15(1): 323-420.

• ^ Wright, S (1950). “Genetical structure of populations”. Nature 166 (4215): 247–9. doi:10.1038/166247a0. PMID 15439261. 
• ^ Holsinger, Kent E.; Bruce S. Weir (2009). “Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST”. Nat Rev Genet 10 (9): 639–650. doi:10.1038/nrg2611. ISSN 1471-0056. PMID 19687804. 

• ^ Nei M. (1973) Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc Natl Acad Sci U S A.
• ^ Richard Durrett. Probability Models for DNA Sequence Evolution. Springer. ISBN 978-0-387-78168-6. http://books.google.com/books?id=o4_bMHy7jFoC 
• ^ Slatkin M. Inbreeding coefficients and coalescence times. Genet Res. 1991 Oct;58(2):167-75.

While there are significant differences among the genomes of human individuals (on the order of 0.1%), these are considerably smaller than the differences between humans and their closest living relatives, the chimpanzees (approximately 4%) and bonobos.