タンパク質ドメイン進化的分類データベース
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内容 | |
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キャプチャデータ | タンパク質ドメイン |
コンタクト | |
研究拠点 | Grishin Lab, テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンター |
作者 | H. Cheng, R. D. Schaeffer, Y. Liao, L. N. Kinch, J. Pei, S. Shi, B. H. Kim, N. V. Grishin. |
主要引用 | PMID 25474468 |
公開日 | 2014 |
アクセス | |
ウェブサイト | http://prodata.swmed.edu/ecod/ |
ツール | |
その他 | |
バージョン | 継続的に更新 |
キュレーション ポリシー | 新規タンパク質は手動。照合したもののために自動化。 |
タンパク質ドメイン進化的分類(タンパクしつドメインしんかてきぶんるい、英: Evolutionary Classification of Protein Domains、ECOD)は、蛋白質構造データバンク(PDB)から入手可能なタンパク質ドメインを分類した生物学的データベースである。ECODは、タンパク質間の進化的関係を決定しようとするものである。
ECODは、Pfam、CATH、SCOPと同様に、タンパク質全体ではなくドメインを収集する。ただし、ECODは進化的関係に重点を置いている。ECODでは、単純に収斂進化を示す可能性のあるフォールドによってタンパク質を分類するのではなく、実証可能な相同性のみによってタンパク質を分類している[1]。
脚注
[編集]- ^ Cheng, H; Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (December 2014). “ECOD: an evolutionary classification of protein domains.”. PLOS Computational Biology 10 (12): e1003926. Bibcode: 2014PLSCB..10E3926C. doi:10.1371/journal.pcbi.1003926. PMC 4256011. PMID 25474468 .