アキドバクテリウム門

アキドバクテリウム門
	Acidobacterium cf. capsulatum
分類
学名
	Acidobacteriota; Thrash and Coates 2021
タイプ属
	アキドバクテリウム属; Acidobacterium; Kishimoto et al. 1991
シノニム
	"Candidatus Aminicenantes"; Rinke et al. 2013; "Acidobacteriota"; Whitman et al. 2018; "Candidatus Aminicenantota"; corrig. Rinke et al. 2013; "Acidobacteraeota"; Oren et al. 2015; "Acidobacteria"; Thrash and Coates 2010;
下位分類（綱）(2024年7月現在)
	ブラストカテッラ綱; Blastocatellia; Pascual et al. 2016; ホロファガ綱; Holophagae; Fukunaga et al. 2008; テリグロブス綱; Terriglobia; Thrash and Coates 2022; テルモアナエロバクルム綱; Thermoanaerobaculia; Dedysh and Yilmaz 2018; ウィキナミバクテル綱; Vicinamibacteria; Dedysh and Yilmaz 2018; ; IJSEMに非承認の綱 "Candidatus Aminicenantia"; Chuvochina et al. 2023; "Candidatus Polarisedimenticolia"; Flieder et al. 2021;

アキドバクテリウム門（アキドバクテリウムもん、Acidobacteriota、アシドバクテリウム門）は、グラム陰性菌の細菌の一門。環境中に広く存在するが、培養が難しいため記載されている種はそのごく一部である。環境中の16S rRNAクローンから推定される多様性はかなり大きく、細菌の中でも大型の門になると推定されている^[2]^[3]。特に土壌中からよくアキドバクテリウムの配列が見出される^[4]。

門名はラテン語で酸っぱいを意味するAcidus（アキドゥス）に由来するが、最初に記載されたAcidobacteriumに由来するもので、必ずしも酸性環境を好むわけではない。Acidobacteriumは鉱山廃水から発見されたが、そのほか淡水、土壌、ヒザラガイから分離されたことがあり、土壌中でも一般にみられる。未培養系統の中には“Ca. Chloracidobacterium”と呼ばれる光合成細菌も含まれるという^[5]。

分類

ホロフォガ綱/Holophagae

アメリカの石油で汚染された帯水層から発見されたGeothrix fermentans^[6]や、ドイツの無酸素泥から発見されたHolophaga foetida^[7]、ヒザラガイから発見されたAcanthopleuribacter pedis^[8]などがある。Geothrix fermentans及びHolophaga foetidaは嫌気性。

ブラストカテッラ綱/Blastocatellia

ナミビアのサバンナ土壌など。好気性で、中性から僅かに弱酸性を好む。中温～好熱性。前述の“Ca. Chloracidobacterium”もこの系統に所属する。

テルモアナエロバクルム綱/Thermoanaerobaculia

沖縄の鳩間海丘にある深海熱水噴出孔より発見された嫌気性の好熱菌Thermotomaculum hydrothermaleのみを含む ^[9]。たんぱく質などを発酵する従属栄養菌で増殖温度は37-60℃。

ウィキナミバクテル綱/Vicinamibacteria

ナミビアの森林土壌^[10]やドイツの草地^[11]から発見された好気性の中性、中温菌。たんぱく質などを発酵する。

参考文献

Dedysh, S. N., et al. (2018). “Refining the taxonomic structure of the phylum Acidobacteria”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. doi:10.1099/ijsem.0.003062. PMID 30325293.

^ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte. “Phylum Acidobacteriota”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. 2024年7月17日閲覧。
^ Quaiser A, Ochsenreiter T, Lanz C, et al. (2003). “Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics”. Mol. Microbiol. 50 (2): 563–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. PMID 14617179.
^ Barns SM, Cain EC, Sommerville L, Kuske CR (2007). “Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (9): 3113–6. doi:10.1128/AEM.02012-06. PMID 17337544.
^ Eichorst SA, Breznak JA, Schmidt TM (2007). “Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (8): 2708–17. doi:10.1128/AEM.02140-06. PMID 17293520.
^ Bryant DA, Costas AM, Maresca JA, et al. (2007). “Candidatus Chloracidobacterium thermophilum: an aerobic phototrophic Acidobacterium”. Science 317 (5837): 523–6. doi:10.1126/science.1143236. PMID 17656724.
^ Coates, J. D., et al. (1999). “Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 49: 1615-22. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. PMID 10555343.
^ Liesack, W., et al. (1992). “Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds”. Arch. Microbiol. 162: 85-90. PMID 8085918.
^ Fukunaga, Y., et al. (2008). “Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58: 2597-601. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. PMID 18984699.
^ Izumi, H., et al. (2012). “Thermotomaculum hydrothermale gen. nov., sp. nov., a novel heterotrophic thermophile within the phylum Acidobacteria from a deep-sea hydrothermal vent chimney in the Southern Okinawa Trough”. Extremophiles 16 (2): 245-53. doi:10.1007/s00792-011-0425-9. PMID 22212657.
^ 　Huber, K. J., et al. (2016). “The first representative of the globally widespread subdivision 6 Acidobacteria,Vicinamibacter silvestris gen. nov., sp. nov., isolated from subtropical savannah soil”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 66 (8): 2971-9. doi:10.1099/ijsem.0.001131. PMID 27150379.
^ Vieira, S., et al. (2017). “Luteitalea pratensis gen. nov., sp. nov. a new member of subdivision 6 Acidobacteria isolated from temperate grassland soil”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 67 (5): 1408-1414. doi:10.1099/ijsem.0.001827. PMID 28141504.

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[lpsn-1] Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte. “Phylum Acidobacteriota”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. 2024年7月17日閲覧。

[Quaiser-2] Quaiser A, Ochsenreiter T, Lanz C, et al. (2003). “Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics”. Mol. Microbiol. 50 (2): 563–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. PMID 14617179.

[3] Barns SM, Cain EC, Sommerville L, Kuske CR (2007). “Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (9): 3113–6. doi:10.1128/AEM.02012-06. PMID 17337544.

[4] Eichorst SA, Breznak JA, Schmidt TM (2007). “Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (8): 2708–17. doi:10.1128/AEM.02140-06. PMID 17293520.

[5] Bryant DA, Costas AM, Maresca JA, et al. (2007). “Candidatus Chloracidobacterium thermophilum: an aerobic phototrophic Acidobacterium”. Science 317 (5837): 523–6. doi:10.1126/science.1143236. PMID 17656724.

[6] Coates, J. D., et al. (1999). “Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 49: 1615-22. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. PMID 10555343.

[7] Liesack, W., et al. (1992). “Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds”. Arch. Microbiol. 162: 85-90. PMID 8085918.

[8] Fukunaga, Y., et al. (2008). “Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58: 2597-601. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. PMID 18984699.

[9] Izumi, H., et al. (2012). “Thermotomaculum hydrothermale gen. nov., sp. nov., a novel heterotrophic thermophile within the phylum Acidobacteria from a deep-sea hydrothermal vent chimney in the Southern Okinawa Trough”. Extremophiles 16 (2): 245-53. doi:10.1007/s00792-011-0425-9. PMID 22212657.

[10] 　Huber, K. J., et al. (2016). “The first representative of the globally widespread subdivision 6 Acidobacteria,Vicinamibacter silvestris gen. nov., sp. nov., isolated from subtropical savannah soil”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 66 (8): 2971-9. doi:10.1099/ijsem.0.001131. PMID 27150379.

[11] Vieira, S., et al. (2017). “Luteitalea pratensis gen. nov., sp. nov. a new member of subdivision 6 Acidobacteria isolated from temperate grassland soil”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 67 (5): 1408-1414. doi:10.1099/ijsem.0.001827. PMID 28141504.

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