APBS (ソフトウェア)

APBSおよびPDB2PQR
作者	Baker NA, Sept D, Joseph S, Holst MJ, McCammon JA (APBS); Dolinsky TJ, Czodrowski P, Li H, Nielsen JE, Jensen JH, Klebe G, Baker NA (PDB2PQR)
リポジトリ	github.com/Electrostatics/apbs-pdb2pqr
プログラミング; 言語	Python, C++, C
対応OS	Linux
種別	分子静電学
ライセンス	BSDライセンス
公式サイト	www.poissonboltzmann.org
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APBS（以前の名称はAdvanced Poisson-Boltzmann Solver）は、主に大きな生体分子系の連続静電気学の方程式を解くための自由でオープンソースなソフトウェアである^[1]^[2]。BSDライセンスの下で入手できる。

PDB2PQRプログラムはProtein Data Bankからのタンパク質構造ファイルをAPBSプログラムと共に使えるようにする。この段階には、欠けている重原子の構造への追加、数多くの力場からの電荷の割り当てなどがある^[3]^[4]。出力ファイル形式はPQRである^[5]。

出典

^ Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Star, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E.; Brookes, David H.; Wilson, Leighton et al. (2017-08-24). “Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite: Improvements to the APBS Software Suite” (英語). Protein Science 27 (1): 112–128. doi:10.1002/pro.3280. PMC 5734301. PMID 28836357.
^ McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J.; Joseph, Simpson; Sept, David; Baker, Nathan A. (2001-08-28). “Electrostatics of nanosystems: Application to microtubules and the ribosome” (英語). Proceedings of the National Academy of Sciences 98 (18): 10037–10041. Bibcode: 2001PNAS...9810037B. doi:10.1073/pnas.181342398. ISSN 0027-8424. PMC 56910. PMID 11517324.
^ Baker, Nathan A.; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E.; Dolinsky, Todd J. (2004-07-01). “PDB2PQR: an automated pipeline for the setup of Poisson–Boltzmann electrostatics calculations” (英語). Nucleic Acids Research 32 (suppl_2): W665–W667. doi:10.1093/nar/gkh381. ISSN 0305-1048. PMC 441519. PMID 15215472.
^ Baker, Nathan A.; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H.; Nielsen, Jens E.; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (2007-07-01). “PDB2PQR: expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations” (英語). Nucleic Acids Research 35 (suppl_2): W522–W525. doi:10.1093/nar/gkm276. ISSN 0305-1048. PMC 1933214. PMID 17488841.
^ “PQR molecular structure format — APBS-PDB2PQR 1.6 documentation”. apbs-pdb2pqr.readthedocs.io. 2019年5月23日閲覧。

外部リンク

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[1] Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Star, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E.; Brookes, David H.; Wilson, Leighton et al. (2017-08-24). “Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite: Improvements to the APBS Software Suite” (英語). Protein Science 27 (1): 112–128. doi:10.1002/pro.3280. PMC 5734301. PMID 28836357.

[2] McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J.; Joseph, Simpson; Sept, David; Baker, Nathan A. (2001-08-28). “Electrostatics of nanosystems: Application to microtubules and the ribosome” (英語). Proceedings of the National Academy of Sciences 98 (18): 10037–10041. Bibcode: 2001PNAS...9810037B. doi:10.1073/pnas.181342398. ISSN 0027-8424. PMC 56910. PMID 11517324.

[3] Baker, Nathan A.; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E.; Dolinsky, Todd J. (2004-07-01). “PDB2PQR: an automated pipeline for the setup of Poisson–Boltzmann electrostatics calculations” (英語). Nucleic Acids Research 32 (suppl_2): W665–W667. doi:10.1093/nar/gkh381. ISSN 0305-1048. PMC 441519. PMID 15215472.

[4] Baker, Nathan A.; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H.; Nielsen, Jens E.; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (2007-07-01). “PDB2PQR: expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations” (英語). Nucleic Acids Research 35 (suppl_2): W522–W525. doi:10.1093/nar/gkm276. ISSN 0305-1048. PMC 1933214. PMID 17488841.

[5] “PQR molecular structure format — APBS-PDB2PQR 1.6 documentation”. apbs-pdb2pqr.readthedocs.io. 2019年5月23日閲覧。

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出典

関連項目

外部リンク