「PyMOL」の版間の差分

PyMOL
作者	Warren Lyford DeLano
開発元	Schrödinger, Inc.
最新版	2.3.5 / 2020年3月6日 (4年前)
リポジトリ	github.com/schrodinger/pymol-open-source;
プログラミング; 言語	C、C++、Python
対応OS	クロスプラットフォーム
種別	分子モデリング
ライセンス	Pythonライセンス
公式サイト	www.pymol.org
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2021年10月9日 (土) 08:14時点における版

PyMOL（パイモル）はオープンソースの分子グラフィックスツールである。ウォーレン・デラノにより開発され、個人経営のソフトフェア会社であるデラノ・サイエンティフィック (DeLano Scientific LLC) によって商品化された。現在はSchrödinger社によって商品化されている。PyMOLは小さな分子に加えてタンパク質など生体高分子の高品質な3Dイメージを作成でき、科学雑誌の表紙を飾ったPyMOLのタンパク質画像も多く存在している。

構造生物学の分野ではオープンソースで利用できる数少ないソフトフェアのうちの1つである。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因む。

PyMOLはOpenGL Extension Wranglerライブラリ(GLEW（英語版）)やFreeGLUT（英語版）を用いており、またプラグインとしてプログラムソフトウェアAPBS^[2]を利用してポアソン＝ボルツマン方程式を解いて、タンパク質表面に電荷分布を表示させることが可能となっている。

2017年9月20日にPyMOL 2.0がリリースされた^[3]。GUIがPyQt対応になり、以前のTkやaquaを用いた描画から置き換えられた。またサポートが行われなくなったPython 2からPython 3への以降を行っており、現在のバージョンではPython 3単独で動作するようになっているが、一部の古いプラグインは依然としてPython 2でしか動作しないものも存在する。

バイナリの配布とソースコードの利用

2006年8月1日にデラノ・サイエンティフィックはコンパイル済みのPyMOL製品（ベータ版を含む）のダウンロードシステムにアクセス制限を設け、長らく最新版のバイナリの配布は有償となっていた。しかし2017年9月のPyMOL 2.0のリリースとともに、Windows, macOS, Linux OSについての最新バージョンのバイナリの公開を再開した。ユーザーは無償でダウンロードして使用することが可能であるが、一部の機能に制限がある。

一方で、最新のソースコードは継続して無償公開されており、PyMOL 2についてのソースコードも2018年3月に公開が再開された^[4]。ユーザーがソースコードをダウンロードしてコンパイルし利用することは許可されている。Windows OSについてはオンライン上で非公式のバイナリが配布されている^[5]。macOSについてはHomebrewを用いて簡単にソースコードからのインストールを行うことが可能になっている^[6]。

脚注

外部リンク

PyMOL

この項目は、コンピュータに関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（PJ:コンピュータ/P:コンピュータ）。

[1] ttps://sourceforge.net/projects/pymol/

[2] APBS

[3] PyMOL v2.0 Release Notes

[4] ttps://sourceforge.net/projects/pymol/

[5] Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages

[6] ymolwiki

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[3]

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[5]

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 {{化学ソフトウェア}}
-[[Category:画像処理ソフト|PYMOL]]
+[[Category:グラフィックソフトウェア|PYMOL]]
 [[Category:Python]]
 [[Category:分子モデリングソフトウェア]]