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「L-アラビノースオペロン」の版間の差分

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'''L-アラビノースオペロン'''({{Lang-en-short|L-arabinose operon}})は'''''ara''オペロン'''または'''''araBAD''オペロン'''とも呼ばれ、[[大腸菌]]''Escherichia coli''において[[五炭糖]]の[[アラビノース|L-アラビノース]]を分解するために必要な[[オペロン]]である<ref name="Voet2011">{{cite book|last1=Voet|first1=Donald & Voet, Judith G.|title=Biochemistry|url=https://archive.org/details/biochemistrythed00voet|url-access=limited|date=2011|publisher=John Wiley & Sons|location=Hoboken, NJ|isbn=978-0470-57095-1|pages=[https://archive.org/details/biochemistrythed00voet/page/n1320 1291]–1294|edition=4th.}}</ref>。L-アラビノースオペロンには''araB''、''araA''、''araD''の3つの[[構造遺伝子]](まとめて''araBAD''と呼ばれる)が含まれており、これらはL-アラビノースの[[代謝]]に必要な3つの[[酵素]]をコードしている<ref name="Schleif2000">{{cite journal|last1=Schleif|author=|first1=Robert|year=2000|title=Regulation of the L-arabinose operon of ''Escherichia coli''|journal=Trends in Genetics|volume=16|issue=12|page=|pages=559–565|doi=10.1016/S0168-9525(00)02153-3|pmid=11102706}}</ref>。これらの遺伝子から産生されるAraB([[リブロキナーゼ]])、AraA([[イソメラーゼ]])、AraD([[エピメラーゼ]])は、L-アラビノースを[[ペントースリン酸経路]]の中間体である[[キシルロース-5-リン酸|D-キシルロース-5-リン酸]]へ変換する<ref name="Schleif2000"/>。
'''L-アラビノースオペロン''' (L-arabinose operon) は、[[大腸菌]] (''Escherichia coli'') が[[アラビノース]]を[[異化 (生物学)|異化]]するために必要な[[酵素]]をコードする[[オペロン]]である。''ara''やara BADオペロンとも呼ばれる。正負両方の制御を行い、[[アロステリック効果]]を実現する。<ref>{{Cite book|title = Molecular Biology of the Gene|last = Watson|first = James|publisher = |year = 2003|isbn = |location = |pages = 503}}</ref>


L-アラビノースオペロンの構造遺伝子は共通の[[プロモーター]]から1本の転写産物([[伝令RNA|mRNA]])として[[転写 (生物学)|転写]]される<ref name="Watson">{{cite book|last1=Watson|first1=James D.|title=Molecular biology of the gene|date=2008|publisher=Addison-Wesley|location=Harlow|isbn=9780321507815|pages=634–635|edition=6th.}}</ref>。L-アラビノースオペロンの発現は、''araC''調節遺伝子の産物と{{仮リンク|カタボライト活性化タンパク質|en|Catabolite activator protein|label=}}(CAP)-[[環状アデノシン一リン酸|cAMP]]複合体によって、単一のユニットとして制御される<ref name="Schleif2010">{{cite journal|last1=Schleif|first1=Robert|year=2010|title=AraC protein, regulation of the l-arabinose operon in, and the light switch mechanism of AraC action|journal=FEMS Microbiology Reviews|volume=34|issue=5|pages=779–796|doi=10.1111/j.1574-6976.2010.00226.x|pmid=20491933|doi-access=free}}</ref>。調節タンパク質AraCはアラビノースレベルに対する感受性があり、アラビノース存在下での{{仮リンク|アクチベーター|en|Activator (genetics)|label=}}、アラビノース不在下の[[リプレッサー]]としての二重の機能によって''araBAD''の発現を調節する<ref name=":0">{{cite journal|last1=Lobell|first1=R. B.|last2=Schleif|first2=R. F.|date=1990|title=DNA looping and unlooping by AraC protein.|journal=Science|volume=250|issue=4980|pages=528–532|doi=10.1126/science.2237403|pmid=2237403}}</ref>。AraCタンパク質は''araBAD''の発現を制御するだけでなく、AraCのレベルが高い場合に自身の発現の自己制御も行う<ref name="Schleif2003">{{cite journal|last1=Schleif|author=|first1=Robert|year=2003|title=AraC protein: A love-hate relationship|journal=BioEssays|volume=25|issue=3|page=|pages=274–282|doi=10.1002/bies.10237}}</ref>。
1970年代から[[分子生物学]]の分野で興味を持たれ、[[遺伝学]]、[[生化学]]、[[生理学]]、[[生物物理学]]等の分野でも熱心に研究されてきた。


== 構造 ==
大腸菌では、アラビノースは[[ペントースリン酸経路]]の中間体である[[キシルロース-5-リン酸]]に変換され<ref name=":0" />、代謝経路に入る。
L-アラビノースオペロンは[[構造遺伝子]]と、オペレーター領域(''araO<sub>1</sub>''、''araO<sub>2</sub>'')とイニシエーター領域(''araI<sub>1</sub>''、''araI<sub>2</sub>'')を含む調節領域から構成される<ref name="Schleif1975">{{cite journal|last1=Schleif|author=|first1=Robert|last2=Lis|first2=John T.|year=|date=1975|title=The regulatory region of the l-arabinose operon: A physical, genetic and physiological study|journal=Journal of Molecular Biology|volume=95|issue=3|page=|pages=417–431|doi=10.1016/0022-2836(75)90200-4}}</ref>。構造遺伝子である''araB''、''araA''、''araD''はL-アラビノースの[[異化 (生物学)|異化]]に関する酵素をコードしている。また、CAP-cAMP複合体が結合して{{仮リンク|カタボライト抑制|en|Catabolite repression|label=}}を促進するCAP結合部位が存在し、細胞のグルコース欠乏時に''araBAD''を正に調節する<ref name="Ogden1980">{{cite journal|last1=Ogden|author=|first1=S|last2=Haggerty|first2=D|last3=Stoner|first3=CM|last4=Kolodrubetz|first4=D|last5=Schleif|first5=R|year=|date=1980|title=The Escherichia coli L-arabinose operon: binding sites of the regulatory proteins and a mechanism of positive and negative regulation.|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=77|issue=6|page=|pages=3346–3350|doi=10.1073/pnas.77.6.3346|pmid=6251457|pmc=349612}}</ref>。[[File:L-arabinose structure.png|600px|thumb|centre|大腸菌''E. coli''のL-アラビノースオペロンの構造。エピメラーゼをコードしている「araC」はaraDの誤りである。]]


調節遺伝子である''araC''は、L-アラビノースオペロンの上流に位置し、アラビノース応答性調節タンパク質AraCをコードしている。 ''araC''と''araBAD''にはそれぞれ異なるプロモーターが存在し、[[RNAポリメラーゼ]]の結合と[[転写 (生物学)|転写]]の開始は個別に行われる<ref name="Schleif2010" />。''araBAD''と''araC''は、それぞれ''araBAD''プロモーター(''P<sub>BAD</sub>'')と''araC''プロモーター(''P<sub>C</sub>'')から逆方向に転写される<ref name="Schleif2000" />。
==構造==
アラビノース異化に必要な酵素をコードする[[構造遺伝子]]は''araB''、''araA''、''araD''であり、''araBAD''と総称される。''araC''は調節遺伝子である。''araBAD''と''araC''は、反対の方向に[[転写 (生物学)|転写]]される<ref name=":0">{{cite journal|author=Schleif, Robert.|title=AraC protein, regulation of the l‐arabinose operon in Escherichia coli, and the light switch mechanism of AraC action|journal=FEMS microbiology reviews|volume=34|number=5|year=2010|pages=779-796|doi=10.1111/j.1574-6976.2010.00226.x}}</ref>。
*''araA''は、L-アラビノースとL-[[リブロース]]の[[異性化]]を触媒する[[L-アラビノースイソメラーゼ]]をコードする。
*''araB''は、(L/D)-リブロースを[[リン酸化]]して(L/D)-[[リブロース-5-リン酸]]を形成する反応を触媒する[[リブロキナーゼ]]をコードする。
*''araD''は、L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸の[[エピマー]]化を触媒する[[L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼ]]をコードする。


== 機能 ==
[[オペレーター]]は''aral''と''araO<sub>2</sub>''で、''araC''と''araBAD''との間に位置する。

*''araA''は[[L-アラビノースイソメラーゼ]]をコードし、L-アラビノースとL-[[リブロース]]の間の[[異性化]]を触媒する。
*''araB''はリブロキナーゼをコードし、L-リブロースの[[リン酸化]]を触媒してL-[[リブロース-5-リン酸]]を形成する。
*''araD''は[[L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼ]]をコードし、L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸の間の[[エピマー|エピマー化]]を触媒する。
[[File:Process of L-arabinose catabolism.png|600px|thumb|left|''araBAD''オペロンによってコードされる3つの酵素の作用による、L-アラビノースの代謝経路。]]{{Clearleft}}


''aral1''と''aral2''は、発現を誘導するDNA結合部位である。
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+大腸菌''E. coli''におけるアラビノースの異化
|+ オペロンの配列
! 基質 !! 酵素 !! 機能 !! Reversible可逆 !! 産物
|-
|-
|{{small|L}}-[[アラビノース]] || AraA || [[イソメラーゼ]] || Yes ||{{small|L}}-リブロース
! 5'
! ''araC''
! ''araO''
! ''araI''
! ''araB''
! ''araA''
! ''araD''
! 3'
|-
|-
|{{small|L}}-[[リブロース]] || AraB || [[リブロキナーゼ]] || No ||{{small|L}}-リブロース-5-リン酸
|
|-
| レギュレーター
|{{small|L}}-[[リブロース-5-リン酸]] || AraD || [[エピメラーゼ]] || Yes ||{{small|D}}-キシルロース-5-リン酸
| colspan=2 | オペレーター
| colspan=3 | 構造
|
|}
|}


L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸はどちらも、[[ペントース]]の代謝と[[ヘキソース]]の代謝を関連付けるペントースリン酸経路の代謝産物である<ref name="Schleif2003"/>。
==機能==
''ara''オペロンは、AraCタンパク質によって制御される。


== 調節 ==
アラビノースが存在しない場合は、[[二量体]]のAraCタンパク質は''aral1''と''araO<sub>2</sub>に結合し、DNAとの間でループ構造を形成する。このループは[[プロモーター]]への[[RNAポリメラーゼ]]結合を阻害して転写を抑制し、構造遺伝子の発現は抑制される<ref name=":0"/>。


[[File:Structure of AraC protein.png|250px|thumb|right|AraC単量体の構造]]
アラビノースが存在する場合は、アラビノースがAraCに結合して二量化を阻害し、DNAとのループ構造は形成されなくなる。これらのAraC-アラビノース複合体は''aral1''と''aral2''に結合し、転写を促進する[[アクチベーター]]として機能する<ref name=":0"/>。
L-アラビノースシステムは、CAP-cAMPアクチベーターだけでなく、AraCタンパク質の結合によっても正または負に制御されている。AraCはホモ二量体として機能し、L-アラビノースオペロンのオペレーター領域とイニシエーター領域との相互作用によって''araBAD''の転写を制御する。AraCの各単量体は、[[DNA結合ドメイン]]と二量体化ドメインの2つのドメインから構成される<ref name="Bustos1993">{{cite journal|last1=Bustos|author=|first1=S. A|last2=Schleif|first2=R. F|year=|date=1993|title=Functional domains of the AraC protein.|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=90|issue=12|page=|pages=5638–5642|doi=10.1073/pnas.90.12.5638|pmid=8516313|pmc=46776}}</ref>。二量体化ドメインはアラビノースの結合を担う<ref name="Saviola1998">{{cite journal|last1=Saviola|author=|first1=B|last2=Seabold|first2=R|last3=Schleif|first3=R. F|year=|date=1998|title=Arm-domain interactions in AraC.|journal=Journal of Molecular Biology|volume=278|issue=3|page=|pages=539–548|doi=10.1006/jmbi.1998.1712}}</ref>。アラビノースの結合に伴ってAraCは立体配座が変化し、そのためAraCには2つの異なる立体配座が存在する<ref name="Schleif2003"/>。AraCの立体配座は、[[アロステリック効果|アロステリック]]な{{仮リンク|インデューサー|en|Inducer|label=}}であるアラビノースの結合によって純粋に決定される<ref name="Griffiths">{{cite book|last1=Griffiths|first1=Anthony J.|last2=Wessler|first2=Susan R.|title=Introduction to genetic analysis|date=2015|publisher=Freeman|location=New York, NY|isbn=9781429276344|pages=413–414|edition=11th}}</ref>。


またAraCは、自身の濃度が高くなりすぎた際に自身の発現を負に自己制御する。AraCの合成は、オペレーター領域(''araO<sub>1</sub>'')への二量体型AraCの結合によって抑制される。
{| class="wikitable"

|+ 大腸菌でのアラビノースの代謝
=== ''araBAD''の負の調節 ===
! 基質 !! タンパク質 !! 機能 !! 可逆 !! 生成物
[[File:Negative regulation of L-arabinose operon via AraC protein.png|500px|thumb|right|AraCタンパク質によるL-アラビノースオペロンの負の調節]]
|-
アラビノースが存在しないときには、細胞はアラビノースを分解する''araBAD''の産物を必要としない。そのため、二量体型AraCがリプレッサーとして機能する。一方の単量体が''araBAD''のオペレーター(''araO<sub>2</sub>'')に結合し、もう一方の単量体は''araI<sub>1</sub>''と呼ばれる離れたDNA領域に結合する<ref name="Casadaban">{{cite journal|last1=Casadaban|author=|first1=Malcolm J.|year=|date=1976|title=Regulation of the regulatory gene for the arabinose pathway, ''araC''|journal=Journal of Molecular Biology|volume=104|issue=3|page=|pages=557–566|doi=10.1016/0022-2836(76)90120-0}}</ref>。これによってDNAのループが形成され<ref name="Seabold1998">{{cite journal|last1=Seabold|author=|first1=Robert R|last2=Schleif|first2=Robert F|year=1998|title=Apo-AraC actively seeks to loop|journal=Journal of Molecular Biology|volume=278|issue=3|page=|pages=529–538|doi=10.1006/jmbi.1998.1713}}</ref>、''araBAD''のプロモーターへのRNAポリメラーゼの結合がブロックされる<ref name="Hendrickson1984">{{cite journal|last1=Hendrickson|author=|first1=William|last2=Schleif|first2=Robert|year=|date=1984|title=Regulation of the ''Escherichia coli'' L-arabinose operon studied by gel electrophoresis DNA binding assay|journal=Journal of Molecular Biology|volume=178|issue=3|page=|pages=611–628|doi=10.1016/0022-2836(84)90241-9}}</ref>。そのため、''araBAD''の構造遺伝子の転写が阻害される<ref name="Weaver2012">{{cite book|last1=Weaver|first1=Robert Franklin|title=Molecular biology|url=https://archive.org/details/molecularbiology00weav_632|url-access=limited|date=2012|publisher=McGraw-Hill|location=New York|isbn=9780071316866|pages=[https://archive.org/details/molecularbiology00weav_632/page/n205 183]–186|edition=5th int. student}}</ref>。
|{{small|L}}-[[アラビノース]] || AraA || [[イソメラーゼ]] || yes || {{small|L}}-リブロース

|-
=== ''araBAD''の正の調節 ===
|{{small|L}}-[[リブロース]] || AraB || [[リブロキナーゼ]] || no || {{small|L}}-リブロース-リン酸
[[File:Positive regulation of L-arabinose operon via AraC and CAP.png|500px|thumb|right|二量体型AraCとCAP-cAMPによるL-アラビノースオペロンの正の調節]]
|-
''araBAD''オペロンの発現は、グルコースが存在せずアラビノースが存在するときに活性化される。アラビノース存在下では、AraCとCAPの双方が協働してアクチベーターとして機能する<ref name="Snyder">{{cite book|last1=Snyder|first1=Larry|title=Molecular genetics of bacteria|date=2013|publisher=ASM Press|location=Washington, DC|isbn=9781555816278|pages=487–494|edition=4th.}}</ref>。
|{{small|L}}-リブロース-リン酸 || AraD || [[エピメラーゼ]] || yes || {{small|D}}-キシルロース-リン酸

|}
==== AraCを介した調節 ====
AraCはアラビノースの存在下でアクチベーターとして機能する。AraCの二量体化ドメインにアラビノースが結合すると、AraCには立体配座の変化が生じる。その結果、AraC-アラビノース複合体は''araO<sub>2</sub>''から解離し、DNAのループ構造が破壊される。AraC-アラビノース複合体にとっては、2つの近接した部位(''araI<sub>1</sub>''と''araI<sub>2</sub>'')に結合する方がエネルギー的に有利となる。一方の単量体が''araI<sub>1</sub>''に結合し、もう一方の単量体が''araI<sub>2</sub>''に結合する。言い換えれば、AraCのへ''araI<sub>2</sub>''の結合は、アラビノースによってアロステリックに誘導される。この配置ではAraCの単量体の1つは''araBAD''プロモーターの近傍に位置し、RNAポリメラーゼがプロモーターに結合して転写を開始するのを助ける<ref name="Hartnell">{{cite book|last1=Hartwell|first1=Leland|last2=Hood|first2=Leroy|title=Genetics : from genes to genomes|date=2010|publisher=McGraw-Hill Education|location=Boston|isbn=9780071102155|page=[https://archive.org/details/genetics00lela_0/page/528 528]|edition=4th|url=https://archive.org/details/genetics00lela_0/page/528}}</ref>。

==== CAP/cAMPを介した調節(カタボライト抑制) ====

大腸菌が好む糖であるグルコースの不在下でのみ、CAPは転写のアクチベーターとして機能する<ref name="Cox">{{cite book|last1=Cox|first1=Michael M.|last2=Doudna|first2=Jennifer A.|last3=O'Donnell|first3=Michael E.|title=Molecular biology : principles and practice|date=2012|publisher=W.H. Freeman|location=New York|isbn=9781464102257|pages=707–708|edition=International}}</ref>。グルコースの不在下では、''araI<sub>1</sub>''と''araO<sub>1</sub>''の間に位置するCAP結合部位に対し、CAP-AMP複合体が高いレベルで結合する<ref name="Griffiths2002">{{cite book|last1=Griffiths|first1=Anthony J.F.|title=Modern genetic analysis: integrating genes and genomes|date=2002|publisher=W.H. Freeman|location=New York|isbn=0716743825|pages=[https://archive.org/details/lccn_2001059225/page/432 432–433]|edition=2nd.|url-access=registration|url=https://archive.org/details/lccn_2001059225/page/432}}</ref>。CAP-cAMPの結合は''araI<sub>1</sub>''と''araO<sub>2</sub>''の間のDNAループ構造を開き、AraCタンパク質の''araI<sub>2</sub>''に対する結合親和性を高めることで''araBAD''プロモーターへのRNAポリメラーゼの結合を促進し、L-アラビノースの代謝に必要な''araBAD''の発現のスイッチを入れる。

[[File:Autoregulation of araC expression.png|500px|thumb|right|''araC''の発現の自己調節]]

=== AraCの自己調節 ===

''araC''の発現は、自身のタンパク質産物であるAraCによって負に制御されている。過剰なAraCは''araC''遺伝子のオペレーターである''araO<sub>1</sub>''に結合し、高レベルのAraCはRNAポリメラーゼが''araC''プロモーターにアクセスするのを物理的にブロックする<ref name="Lee1981">{{cite journal|last1=Lee|author=|first1=N. L|last2=Gielow|first2=W.O|last3=Wallace|first3=R. G|year=1981|title=Mechanism of ''araC'' autoregulation and the domains of two overlapping promoters, ''P<sub>c</sub>'' and ''P<sub>BAD</sub>'', in the L-arabinose regulatory region of ''Escherichia coli''.|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=78|issue=2|page=|pages=752–756|doi=10.1073/pnas.78.2.752|pmid=6262769|pmc=319880}}</ref>。すなわち、AraCタンパク質は高濃度では自身の発現を阻害する<ref name="Snyder"/>。

== タンパク質発現系での利用 ==

L-アラビノースオペロンは1970年以降[[分子生物学]]研究において注目され続けており、[[遺伝学]]、[[生化学]]、[[生理学]]、[[生物工学]]のレベルでの広く研究が行われている<ref name="Watson"/>。L-アラビノースオペロンはタンパク質発現系で広く利用されており、緊密な制御下で標的遺伝子の発現を行うために''araBAD''プロモーターが利用されている。''araBAD''プロモーターを標的遺伝子と融合することで、標的遺伝子の発現をアラビノースのみによって調節することができるようになる。例えば、[[pGLO]] [[プラスミド]]は''P<sub>BAD</sub>''プロモーターの制御下に[[緑色蛍光タンパク質]](GFP)遺伝子を含んでおり、アラビノースによってGFPの産生が誘導される。


== 出典 ==
AraC-アラビノース複合体は、RNAポリメラーゼがプロモーターに結合し、''ara''オペロンを転写するために必須である。また、活性化のためには、''aral''へCRP(カタボライト遺伝子活性化蛋白質、CAPとも)と[[環状AMP]]の複合体が結合することも必要である。そのため、活性化はアラビノースと環状AMPの存在に依存する<ref name=":0"/>。
{{Reflist}}


==関連項目==
== 関連項目 ==
*[[オペロン]]
*[[ラクトースオペロン]] - [[遺伝子発現]]の研究に用いられる大腸菌の別のオペロン
*[[異化 (生物学)]]
*{{仮リンク|カタボライト抑制|en|Catabolite repression|label=}}
大腸菌の他のオペロンシステム
*{{仮リンク|ガラクトースオペロン|en|Gal operon|label=}}
*[[ラクトースオペロン]]
*{{仮リンク|トリプトファンオペロン|en|trp operon|label=}}
*{{仮リンク|gabオペロン|en|gab operon|label=}}


== 外部リンク ==
==出典==
*[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21277/ Modern Genetic Analysis] by Griffiths, A.J et al. (online textbook)
{{reflist}}
*[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22512/ Biochemistry] by Berg, J.M et al. (online textbook)
*[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21849/ An Introduction to Genetic Analysis] by Griffiths, A.J et al. (online textbook)


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{{デフォルトソート:L-あらひのおすおへろん}}

2020年8月22日 (土) 07:23時点における版

L-アラビノースオペロン: L-arabinose operon)はaraオペロンまたはaraBADオペロンとも呼ばれ、大腸菌Escherichia coliにおいて五炭糖L-アラビノースを分解するために必要なオペロンである[1]。L-アラビノースオペロンにはaraBaraAaraDの3つの構造遺伝子(まとめてaraBADと呼ばれる)が含まれており、これらはL-アラビノースの代謝に必要な3つの酵素をコードしている[2]。これらの遺伝子から産生されるAraB(リブロキナーゼ)、AraA(イソメラーゼ)、AraD(エピメラーゼ)は、L-アラビノースをペントースリン酸経路の中間体であるD-キシルロース-5-リン酸へ変換する[2]

L-アラビノースオペロンの構造遺伝子は共通のプロモーターから1本の転写産物(mRNA)として転写される[3]。L-アラビノースオペロンの発現は、araC調節遺伝子の産物とカタボライト活性化タンパク質英語版(CAP)-cAMP複合体によって、単一のユニットとして制御される[4]。調節タンパク質AraCはアラビノースレベルに対する感受性があり、アラビノース存在下でのアクチベーター、アラビノース不在下のリプレッサーとしての二重の機能によってaraBADの発現を調節する[5]。AraCタンパク質はaraBADの発現を制御するだけでなく、AraCのレベルが高い場合に自身の発現の自己制御も行う[6]

構造

L-アラビノースオペロンは構造遺伝子と、オペレーター領域(araO1araO2)とイニシエーター領域(araI1araI2)を含む調節領域から構成される[7]。構造遺伝子であるaraBaraAaraDはL-アラビノースの異化に関する酵素をコードしている。また、CAP-cAMP複合体が結合してカタボライト抑制英語版を促進するCAP結合部位が存在し、細胞のグルコース欠乏時にaraBADを正に調節する[8]

大腸菌E. coliのL-アラビノースオペロンの構造。エピメラーゼをコードしている「araC」はaraDの誤りである。

調節遺伝子であるaraCは、L-アラビノースオペロンの上流に位置し、アラビノース応答性調節タンパク質AraCをコードしている。 araCaraBADにはそれぞれ異なるプロモーターが存在し、RNAポリメラーゼの結合と転写の開始は個別に行われる[4]araBADaraCは、それぞれaraBADプロモーター(PBAD)とaraCプロモーター(PC)から逆方向に転写される[2]

機能

araBADオペロンによってコードされる3つの酵素の作用による、L-アラビノースの代謝経路。
大腸菌E. coliにおけるアラビノースの異化
基質 酵素 機能 Reversible可逆 産物
L-アラビノース AraA イソメラーゼ Yes L-リブロース
L-リブロース AraB リブロキナーゼ No L-リブロース-5-リン酸
L-リブロース-5-リン酸 AraD エピメラーゼ Yes D-キシルロース-5-リン酸

L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸はどちらも、ペントースの代謝とヘキソースの代謝を関連付けるペントースリン酸経路の代謝産物である[6]

調節

AraC単量体の構造

L-アラビノースシステムは、CAP-cAMPアクチベーターだけでなく、AraCタンパク質の結合によっても正または負に制御されている。AraCはホモ二量体として機能し、L-アラビノースオペロンのオペレーター領域とイニシエーター領域との相互作用によってaraBADの転写を制御する。AraCの各単量体は、DNA結合ドメインと二量体化ドメインの2つのドメインから構成される[9]。二量体化ドメインはアラビノースの結合を担う[10]。アラビノースの結合に伴ってAraCは立体配座が変化し、そのためAraCには2つの異なる立体配座が存在する[6]。AraCの立体配座は、アロステリックインデューサーであるアラビノースの結合によって純粋に決定される[11]

またAraCは、自身の濃度が高くなりすぎた際に自身の発現を負に自己制御する。AraCの合成は、オペレーター領域(araO1)への二量体型AraCの結合によって抑制される。

araBADの負の調節

AraCタンパク質によるL-アラビノースオペロンの負の調節

アラビノースが存在しないときには、細胞はアラビノースを分解するaraBADの産物を必要としない。そのため、二量体型AraCがリプレッサーとして機能する。一方の単量体がaraBADのオペレーター(araO2)に結合し、もう一方の単量体はaraI1と呼ばれる離れたDNA領域に結合する[12]。これによってDNAのループが形成され[13]araBADのプロモーターへのRNAポリメラーゼの結合がブロックされる[14]。そのため、araBADの構造遺伝子の転写が阻害される[15]

araBADの正の調節

二量体型AraCとCAP-cAMPによるL-アラビノースオペロンの正の調節

araBADオペロンの発現は、グルコースが存在せずアラビノースが存在するときに活性化される。アラビノース存在下では、AraCとCAPの双方が協働してアクチベーターとして機能する[16]

AraCを介した調節

AraCはアラビノースの存在下でアクチベーターとして機能する。AraCの二量体化ドメインにアラビノースが結合すると、AraCには立体配座の変化が生じる。その結果、AraC-アラビノース複合体はaraO2から解離し、DNAのループ構造が破壊される。AraC-アラビノース複合体にとっては、2つの近接した部位(araI1araI2)に結合する方がエネルギー的に有利となる。一方の単量体がaraI1に結合し、もう一方の単量体がaraI2に結合する。言い換えれば、AraCのへaraI2の結合は、アラビノースによってアロステリックに誘導される。この配置ではAraCの単量体の1つはaraBADプロモーターの近傍に位置し、RNAポリメラーゼがプロモーターに結合して転写を開始するのを助ける[17]

CAP/cAMPを介した調節(カタボライト抑制)

大腸菌が好む糖であるグルコースの不在下でのみ、CAPは転写のアクチベーターとして機能する[18]。グルコースの不在下では、araI1araO1の間に位置するCAP結合部位に対し、CAP-AMP複合体が高いレベルで結合する[19]。CAP-cAMPの結合はaraI1araO2の間のDNAループ構造を開き、AraCタンパク質のaraI2に対する結合親和性を高めることでaraBADプロモーターへのRNAポリメラーゼの結合を促進し、L-アラビノースの代謝に必要なaraBADの発現のスイッチを入れる。

araCの発現の自己調節

AraCの自己調節

araCの発現は、自身のタンパク質産物であるAraCによって負に制御されている。過剰なAraCはaraC遺伝子のオペレーターであるaraO1に結合し、高レベルのAraCはRNAポリメラーゼがaraCプロモーターにアクセスするのを物理的にブロックする[20]。すなわち、AraCタンパク質は高濃度では自身の発現を阻害する[16]

タンパク質発現系での利用

L-アラビノースオペロンは1970年以降分子生物学研究において注目され続けており、遺伝学生化学生理学生物工学のレベルでの広く研究が行われている[3]。L-アラビノースオペロンはタンパク質発現系で広く利用されており、緊密な制御下で標的遺伝子の発現を行うためにaraBADプロモーターが利用されている。araBADプロモーターを標的遺伝子と融合することで、標的遺伝子の発現をアラビノースのみによって調節することができるようになる。例えば、pGLO プラスミドPBADプロモーターの制御下に緑色蛍光タンパク質(GFP)遺伝子を含んでおり、アラビノースによってGFPの産生が誘導される。

出典

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関連項目

大腸菌の他のオペロンシステム

外部リンク