ドメイン (分類学)
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生物分類学におけるドメイン（英: domainドメイン、羅: regioレギオー）とは、界よりも上の最も高い階級である。この階級における分類は、基礎的なゲノムの進化の違いを反映して行われる。3ドメイン説においては、真核生物ドメイン、細菌ドメイン、古細菌ドメインの3つのタクソンがこの階級に位置づけられる[1]。日本語では、界を超える存在として「超界」、中国語に由来する「域」、あるいはregio/domainを直訳した「領域」と呼ばれることもある。
この項目では、ドメインと同程度、あるいは代替となる階級についても扱う。empire（エンパイアー）、superkingdom（スーパーキングダム）と呼ばれるものがそれで、それぞれ日本語では帝国、上界、ラテン語ではimperium（インペリウム）、superregnum（スペッレグヌム）が充てられる。ウイルスではrealm（レルム）が同等の階級に相当する。
この階級の新設は、これまでの分類の最も高い階層である界が本来は植物と動物を分けるために設定されたものであったことに由来する。様々な生物の発見により界は徐々に増加したが、原核生物についての研究が進むにつれ、植物と動物の差よりも原核生物内部の多様性の方が遥かに大きいことが分かってきため、界より上のランクを設定した方がよい、との判断が生まれてきたことによる。古細菌の発見がこれを後押しした。
3ドメイン説
現在主流の3ドメイン説では、生物全体を古細菌、細菌、真核生物の3つに大別する。1990年にカール・ウーズが提唱した。
古細菌
sn-グリセロール1-リン酸のイソプレノイドエーテルより構成される細胞膜に特徴付けられる生物である。メタン菌・高度好塩菌・好熱好酸菌・超好熱菌など、極限環境に生息する生物を含む。
細菌
バクテリアともいう。sn-グリセロール3-リン酸の脂肪酸エステルより構成される細胞膜を持つ原核生物と定義される。大腸菌、枯草菌、シアノバクテリアなどを含む。
真核生物
身体を構成する細胞の中に細胞核と呼ばれる細胞小器官を有する生物である。動物、植物、菌類、原生生物などを含む。
3ドメイン説以外の分類
生物の最高ランクの分類は、基礎的なゲノムの進化の違いや細胞の基本的な構造に基づいて行われており、前提となる系統樹の違いにより異なる分類方法が提唱されている。例えば次のようなものがある。
2帝説
生物全体を原核生物（細菌と古細菌が含まれる）と真核生物の2つに分ける。（参考: en:Kingdom (biology)#Four kingdoms）
近年では Ruggiero et al. (2015) の体系がこの形である（empire ではなく superkingdom だが）。なお彼らは原核生物が単系統群だと主張しているわけではない。
2ドメイン説（二分岐説）
エオサイト説から発展したもので、生物全体をバクテリアとアルカエア（アーキア）に分ける[2][3][4]。古川他の提案によると、以下のような分類となる[5]。
| ドメイン | サブドメイン（亜域） |
|---|---|
| Bacteria（バクテリア） | Eubacteria |
| Archaea（アルカエア） | Archaebacteria |
| Eukaryotes |
ウイルス
国際ウイルス分類委員会（ICTV）ではKingdom（2018年以前はPhylum）より高次の階級としてRealmが提唱されている[6]。日本語では界（2018年の分類に基づく[7]）や域（2019年の分類に基づく[8]）と訳す例もあり、以下の和名は後者に従う。2019年の時点でリボウイルス域（Riboviria）、デュプロドナウイルス域（Duplodnaviria）、バリドナウイルス域（Varidnaviria）、モノドナウイルス域（Monodnaviria）の4つの域が設置され[8]、2021年にAdnaviria、Ribozyviriaの2域が追加された[6]。
出典
- ^ Woese, C.R., Kandler, O., Wheelis, M.L. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci U S A 87 (12): 4576–9.
- ^ Archibald, John M. (23 December 2008). “The eocyte hypothesis and the origin of eukaryotic cells”. PNAS 105 (51): 20049–20050.
- ^ Lake, James A.; Henderson, Eric; Oakes, Melanie; Clark, Michael W. (June 1984). “Eocytes: A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes”. PNAS 81: 3786–3790.
- ^ Williams, Tom A.; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.; Embley, T. Martin (December 2013). “An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life”. Nature 504 (7479): 231–236. doi:10.1038/nature12779. PMID 24336283.
- ^ Furukawa, R., et al. (2017). “Quest for Ancestors of Eukaryal Cells Based on Phylogenetic Analyses of Aminoacyl-tRNA Synthetases”. J. Mol. Evol. 84 (1): 51-66. doi:10.1007/s00239-016-9768-2.
- ^ a b “Virus Taxonomy: 2021 Release”. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2022年6月16日閲覧。
- ^ 緒方靖哉・西山孝・土居克実「改訂 ウイルス分類 話題のウイルスの知見と動向」『化学と生物』第58巻第1号、日本農芸化学会、2020年、20-33頁。
- ^ a b 「国際ウイルス分類委員会の新しい分類体系（「ICTV New Taxonomy Release（2019）」）で提唱された目より上位の分類（2020年3月承認）」神谷茂 監修、錫谷達夫・松本哲哉 編『標準微生物学 第14版』付録、医学書院、2021年、表 27-4、2022年6月16日閲覧。
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